Создателем породы шапендуа считается собаковод Питер Тупул. В период с 1940 по 1945 годы началось систематическое разведение к тому времени почти исчезнувшей породы шапендуа. В 1952 году она предварительно была признана Голландским координационным советом в области кинологии Raad van Beheer. Первый стандарт породы был утверждён в 1954 году, одновременно была заведена и племенная книга. После признания в 1971 году Международной кинологической федерацией в разведении использовались только зарегистрированные собаки, так как порода шапендуа до сих пор находится в стадии становления и должна развиваться очень ответственно. Шапендуа ведёт своё происхождение из болотистых районов Дрента на севере Голландии. В переводе с голландского "Schapendus" означает Лохматая овчарка. Сначала использовалась как фермерская собака, в частности как пастушья.